AmpliSeq for Illumina On-Demand

Специально разработанные панели с возможностью выбора из более чем 5000 протестированных генов для исследований наследственных заболеваний человека, например, таких как наследственный рак, первичный иммунодефицит, потерю слуха и мышечную дистрофию.

Химия AmpliSeq и технология секвенирования нового поколения (NGS) Illumina обеспечивают непревзойденное качество данных даже из низкокачественных исходных материалов, таких как зафиксированные формалином и залитые парафином (FFPE) ткани.

Просто заказать

Используйте DesignStudio Software, бесплатный удобный инструмент для создания панелей, оптимизированных под интересующий Вас геномный контент.

Удобные небольшие размеры упаковки

Панель On-demand доступны для от 1 (24 ампликона) до 500 (15000 ампликонов) генов и предлагаются в небольших упаковках по 24 и 96 реакций.

Спецификации

Время анализа	до 5 часов (время включает в себя только подготовку библиотеки и не включает в себя определения качества библиотеки, нормализацию или пулирование)
Время работы руками	1,5 часа
Количество реакций	24 или 96 реакций
Тип нуклеиновой кислоты	ДНК
Количество стартового материала	1-100 нг ДНК
Особенности содержимого	Изготавливается на заказ и включает от 1 (24 ампликона) до 500 (15 000 ампликонов) генов
Описание	Изготовленная под заказ панель из >5000 протестированных генов, который можно использовать для точечного исследования конкретных генов, областей или вариантов, представляющих интерес.
Multiplexing	до 96-plex
Механизм действия	Мультиплексный ПЦР
Для исследования каких видов подходит	Человек
Метод	Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing
Класс вариаций	Germline Variants, Insertions-Deletions (indels), Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)
Для работы с какими платформами подходит	HiSeq 2000, HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, iSeq 100, MiniSeq, MiSeq, MiSeq, MiSeqDx (в исследовательском режиме), NextSeq 500, NextSeq 550, NextSeq 550Dx (в исследовательском режиме)
Специальные типы образцов	ткани FFPE
Технология	Секвенирование

Сравнение наборов

	AmpliSeq for Illumina On-Demand	AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel	Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Kit	Nextera Flex for Enrichment
Количество стартового материала	1–100 нг ДНК	1–100 нг (рекомендуется 10 нг на пул)	50 нг ДНК	10-1000 нг высококачественной геномной ДНК или ≥50 нг FFPE ДНК. (Кровь и слюну см. Reference Guide).
Особенности содержимого	Изготавливается на заказ и включает от 1 (24 ампликона) до 500 (15 000 ампликонов) генов	До 5 Mb пользовательского содержимого	0.5 - 15 Mb пользовательского геномного содержимого	Экзом: 45 Mb экзонического содержимого (≥98% RefSeq, CCDS, and Ensembl coding content). Custom: 0.5 - 15 Mb интересующего геномного содержимого. Фиксированные панели: содержимое зависит от панели.
Описание	Изготовленная под заказ панель из >5000 протестированных генов, который можно использовать для точечного исследования конкретных генов, областей или вариантов, представляющих интерес.	Кастомная исследовательская панель, которую позволяет с высокой точностью исследовать конкретные гены, регионы или варианты, представляющие интерес.	Объединяет ранее заказанные кастомные панели, и существующие панели, разработанные Illumina, чтобы обеспечить обогащение таргетного геномного контента.	Быстрое и гибкое исследовательское решение, позволяющее выполнять как полноэкзомное, кастомное секвенирование и секвенирование на конкретных панелях.
Механизм действия	Мультиплексная ПЦР	Мультиплексная ПЦР	Enzymatic fragmentation and hybridization-based enrichment	Enrichment-compatible, bead-linked transposome
Multiplexing	до 96-plex	до 96-plex	12-plex (пул до 12 образцов на реакцию обогащения)	до 96 доступных уникальных двойных индексов.
Количество реакций	24 или 96 реакций	750 или 3000 реакций	48, 96 или 288 образцов	16 или 96 образцов
Для исследования каких видов подходит	Человек	Любые виды, бык, собака, курица, хомяк, человек, кукуруза, мышь, овца, свинья, рис, соя, помидор	Человек	Человек и др.
Метод	Amplicon Sequencing , Targeted DNA Sequencing	Amplicon Sequencing , Custom Sequencing, Genotyping by Sequencing , Targeted DNA Sequencing	Custom Sequencing, Target Enrichment , Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing	Custom Sequencing, Exome Sequencing , Target Enrichment , Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing
Специальные типы образцов	ткани FFPE	ткани FFPE, кровь	Не совместим с FFPE	ткани FFPE, кровь, слюна

Пример рабочего процесса для конкретного метода

Подготовка
библиотек с помощью:

DesignStudio Software

AmpliSeq for Illumina On-Demand

AmpliSeq for Illumina Library PLUS

AmpliSeq for Illumina CD Indexes

Секвенирование на:

iSeq 100 System
MiniSeq System
MiSeq System
NextSeq System

Анализ данных с помощью:

BaseSpace Sequence Hub DNA Amplicon App

Local Run Manager RNA Amplicon Module

BaseSpace Variant Interpreter