TruSight Tumor 170
TruSight Tumor 170
Комплексная NGS-панель, которая нацелена на варианты ДНК и РНК из одного и того же образца FFPE.
TruSight Tumor 170 разработана для покрытия 170 генов, связанных с известными солидными опухолями, представляет собой таргетную панель на основе обогащения, которая одновременно анализирует ДНК и РНК, охватывая широкий спектр генов и разных вариантов. Всесторонний характер предоставляет лабораториям глубокое понимание генетики рака.
Обширное покрытие связанных с раком вариантов
Оценка фьюженов, вариантов сплайсинга, инсерций / делеций и однонуклеотидных вариантов (SNV), и амплификации в одной панеле с использованием ДНК и РНК позволяет повысить эффективность использования образца, времени и стоимости.
Достоверные результаты из образцов низкого качества
Обнаружение вариантов с частотой мутантных аллелей всего лишь 5% с использованием всего лишь 40 нг ДНК и РНК максимизирует результаты из драгоценных образцов FFPE.
Интегрированный, оптимизированный рабочий процесс
После стадии фрагментирования ДНК/синтеза кДНК пробоподготовка ДНК и РНК образцов происходит параллельно по объединённому рабочему протоколу.
Спецификации
|
Время эксперимента |
~ 2 дня (подготовка библиотеки) |
|---|---|
|
Время непосредственно ручной работы |
~ 10,5 часов |
| Количество стартового материала | 40 нг ДНК и / или РНК |
| Тип рака | Солидная Опухоль |
| Описание | Выполните обширное исследование обнаружения соматического варианта в солидных опухолях, используя информацию об определении вариантов из ДНК и РНК. |
| Особенности содержимого |
Обогащение зондами кодирующих последовательностей 170 генов. Определение однонуклеотидных вариантов, малых вставок и делеций в 151 гене, амплификаций в 59 генах, фьюженов и вариантов сплайсинга в 55 генах. |
| Мультиплексирование | До 32-plex для ДНК с использованием обоих наборов индексов, до 16-plex для РНК |
| Для работы с какими платформами подходит | HiSeq 2500, NextSeq 500, NextSeq 550 |
| Класс вариантов |
Варианты числа копий (CNV), фьюжены генов, инделы (вставки-делеции), однонуклеотидный полиморфизм (SNP), соматические варианты, структурные варианты. |
| Тип нуклеиновой кислоты | РНК, ДНК |
| Специализированные типы образцов |
FFPE-ткани; малое количество стартового материала |
| Метод | Таргетное обогащение, Таргетное ДНК секвенирование, Таргетное РНК секвенирование |
| Для исследования каких видов подходит |
Человек |
| Технология | Секвенирование |
Рекомендации по проекту
|
Секвенатор |
Рекомендуемое количество образцов | Длина прочтения |
|---|---|---|
| NextSeq 550 |
Образцов за запуск (high output): 16 (8 ДНК + 8 РНК), 10, если только ДНК, 16, если только РНК |
2 × 101 п.о.(рекомендуемый максимум) |
| HiSeq 2500 | Образцов за запуск (rapid run): 12 (6 ДНК + 6 РНК), 6, если только ДНК, 12, если только РНК | 2 × 101 п.о.(рекомендуемый максимум) |
Видеоссылки
